Colocar limpador de algas no tanque pode fazer com que os peixes fiquem no fundo?

Não. Isso não é verdade. Se você tiver peixes dormentes no fundo do aquário, é uma indicação de que o aquário não é adequado para viver.
As razões para isso podem ser:
1) A água do tanque não é tratada adequadamente ou está contaminada.
2) Pode não haver oxigênio suficiente para os peixes
3) A água está muito quente ou muito fria para os peixes
4) O tanque pode estar superlotado