Primarna funkcija bakterija u sira je zakiseliti mlijeka jedući mliječnog šećera (laktoze). Bakterije su dodani kao sir predjelo, od kojih su dvije vrste. Mezofilne starter mogu izravno dodati u mlijeko i obično sadrže nekoliko podvrsta lactococcus lactis ili Leuconostoc mesenteroides. Termofilne predjela moraju biti kulturan prije nego se mogu dodati u mlijeko i sadrže Streptococcus thermophilus ili Lactobacillus delbrueckii.
Parmezana počinje s mlijekom i bakterijske starter.
Gljive pregled

gljiva (ili kalup) spore se koriste kako bi sireve s nahukani korica doma ćeg ili s venama. Penicillium camemberti je primarni gljiva koristi za korica doma ćeg u sirevima kao što su Camembert i Brie. Penicillium roqueforti se koristi za plave ili venama sirevima poput Roquefort, Stilton, gammelost i gorgonzolom.
Vene u plavim sirevima dolaze iz gljiva.
Drugih mikroorganizama pregled

Neki vrste bakterija su potrebni za proizvodnju specifičnih sireva, osim starter bakterija i gljivica. Na primjer, švicarski sirevi zahtijevaju bakterija propionske kiseline kako bi se postigla svoje karakteristične okrugle rupe.
Rupe u švicarskom siru su uzrokovane bakterijama.