De zaden zijn te vinden in het centrum van een jalapenopeper en zijn omgeven door een membraan . Dit membraan is waar de meeste capsaïcine in de jalapeno, dus is het heetste deel van de paprika. De zaden en membraan kan worden gebruikt in de keuken, maar vaak verwijderd. Dit wordt gedaan door het snijden van de jalapeno in de helft en het onderuit halen van de lengte van de peper, onder het merg, met een scherp mes.
Flesh

Het vlees is de groene deel dat de meeste jalapeno maakt. Een rijpe Jalapeno heeft een glanzend en stevig vlees aan de buitenkant en mag geen blauwe plekken of zachte vlekken hebben. Het bevat capsaïcine in lagere concentraties dan in de zaden en membraan, is dus niet zo heet als deze onderdelen. Het is het grootste deel van de jalapeno gebruikt in de keuken en voegt nog voldoende warmte om een ​​schotel.
Pith

Het merg is het witte gedeelte van de jalapenopeper en is gevonden in het vlees. De zaden en hun membraan aan het merg bevestigd, maar het merg zelf bevat weinig warmte. Het kan worden uitgehold voor het koken door het voorzichtig eronder snijden met een scherp mes. Dit is ook verwijderd van de zaden en membraan, maar deze kunnen terzijde worden gehouden en worden toegevoegd aan een gerecht afzonderlijk, indien nodig.
Stem

De stam van een jalapeno is het moeilijk component waarop het jalapeno de rest van de plant groeit hecht. Het is groen, evenals de rest van de paprika, maar heeft een andere textuur aan het vlees. Jalapeno stengels worden meestal niet gebruikt in de keuken. Deze kunnen worden verwijderd door het snijden van horizontaal over de bovenkant van de paprika met een mes.