Frøene er funnet i sentrum av en jalapeno pepper og er omgitt av en membran . Denne membranen er der det meste av capsaicin er i jalapeno, så det er den varmeste delen av pepper. Frøene og membranen kan anvendes i mat, men blir ofte fjernet. Dette gjøres ved å kutte jalapeno i to og ha klippet ned lengden på pepper, under margen, med en skarp kniv.
Flesh

Kjøttet er grønne delen som utgjør mesteparten av jalapeno. En moden jalapeno har en blank og fast kjøtt på utsiden og skal ikke ha noen blåmerker eller myke flekker. Den inneholder capsaicin i lavere konsentrasjoner enn i frøene og membran, så er ikke så varmt som disse delene. Det er den viktigste delen av jalapeno brukes i matlaging og fortsatt legger masse varme til en rett.
Marg

Margen er den hvite delen av jalapeno pepper og er funnet inne i kjøttet. Frøene og deres membran er festet til det hvite, men margen selv inneholder lite varme. Det kan øses ut til matlaging ved å skjære forsiktig under den med en skarp kniv. Denne fjernet også frøene og membran, men disse kan holdes til side og lagt til en rett separat hvis nødvendig.
Stem

Stammen av en jalapeno er vanskelig del som festes jalapeno til resten av anlegget som det vokser. Det er grønn, i likhet med resten av pepper, men har en annen tekstur til kjøttet. Jalapeno stilkene er vanligvis ikke brukes i matlaging. De kan fjernes ved å skjære horisontalt over toppen av pepper med en kniv.