Alle hot pepper kan brukes til å erstatte varmen av chipotle, som fersk jalapenos, Serranos eller poblanos. Tørket cayenne pepper eller varm saus ville også fungere. Mengden varme formidles av paprikaen kan endres for å passe individuelle smak: For en mildere smak, fjerne den indre membran og frø og hakk utsiden av pepper, og for en sterkere varme forlate frøene og membran intakt
. Enhver type hot pepper kan brukes til å erstatte chipotle peppers.
Røkt Peppers

Chipotles er røkt, og selv erstatte dem med et annet varmt pepper vil gi riktig varme til en tallerken vil den distinkte smokey smaken mangle. En god erstatning er en annen type røkt hot pepper, slik som pasilla de Oaxaca. Et utvalg av røkt paprika er tilgjengelig hermetisert, frynser eller tørket i mange supermarkeder.
Chipotles i Adobo

Chipotles selges ofte hermetisert i adobo, som er en urt og tomatbasert saus. En god erstatning for denne type chipotle er noen av de nevnte paprika blandet med en saus biff. Dette vil gjenskape smaken og konsistensen av chipotles i adobo ganske godt i en klemme.