Whisky flasker skal oppbevares på et mørkt sted, vekk fra direkte sollys eller andre kilder til ultrafiolett lys. Sollys kan bleke flaskens etikett, som kan skade verdien av flasker beregnet for videresalg. Det kan også endre fargen på whisky selv. Whisky destillatør Macallan antyder at whiskyer som er kunstig farget med karamell, snarere enn fargede utelukkende av tønna, har en tendens til å lysne spesielt raskt i sollys.
Temperatur

Whisky bør lagres ved romtemperatur. I motsetning til vin, whisky har ikke eldes i flasken, noe som betyr at den kan overleve et forholdsvis bredt område av temperaturer. En forholdsvis kjølige omgivelser vil redusere fordampning. Ved svært kalde temperaturer, kan noen uklarhet vises, men whiskyen vil normalt bli klart når den varmes opp til romtemperatur igjen.

Position

Whisky flaskene kan trygt lagres med kork oppover. Ved lagring av vin, er den tradisjonelle metode for å lagre flasker i en horisontal stilling. Dette holder korken våt, hindre at den tørker ut. Med whisky, kan langvarig kontakt med høyere alkoholinnhold i whisky faktisk være dårlig for kork. For å forlenge levetiden til kork, anbefaler Distiller Glenlivet upending en lagret flaske med noen ukers mellomrom for å fukte korken litt.
Andre faktorer

I de fleste tilfeller, er det bare å holde flasker stående på et kjølig, mørkt sted vil bevare dem. Imidlertid kan det noen ganger være problemer med kork som resulterer i fordampning. Periodisk kontroll av mengde whisky i en flaske vil avsløre hvis nivået er synkende; hvis det er, kan det være et problem med tetningen, noe som betyr at flasken skal drikkes eller dekantert. Tilsvarende Glenlivet anbefaler dekantering en flaske til en mindre container når det er omtrent halvparten tom å redusere oksidasjon.