Podstawową funkcją bakterii w serów jest do zakwaszenia mleka przez spożywanie cukru mlecznego (laktozy). Bakterie dodaje jak ser rozrusznika, którego istnieją dwa typy. Mezofilnych startery mogą być bezpośrednio dodane do mleka i zazwyczaj zawierają kilka podgatunku Lactococcus lactis i Leuconostoc mesenteroides. Ciepłolubne rozruszniki muszą być hodowane, zanim będą mogły zostać dodane do mleka i zawierają Streptococcus thermophilus lub Lactobacillus delbrueckii.
Parmezan zaczyna mlekiem i starter bakterii.
Grzyby

grzyby (pleśń) lub zarodniki są wykorzystywane do wytwarzania serów z bloomy skórki lub z żyły. Penicillium camemberti jest głównym grzyby wykorzystywane do skórki, w serach, takich jak camembert i brie. Penicillium roqueforti służy do niebieskich lub wtopionych serów jak roquefort, Stilton, gammelost i gorgonzolą. Największa żył w niebieskich serów pochodzą z grzybów.
Innych mikroorganizmów

Niektóre Wymagane są typy bakterii do produkcji specyficznych serów, oprócz bakterii startowych i grzybów. Na przykład, sery szwajcarskie wymagają bakterie kwasu propionowego, aby osiągnąć swoje charakterystyczne okrągłe otwory. Największa Dziury w serze szwajcarskim są wywoływane przez bakterie.