Fröna finns i centrum av en jalapeno peppar och omges av ett membran . Detta membran är där de flesta av kapsaicin är i peppar, så det är den hetaste delen av peppar. Fröna och membran kan användas i matlagning, men ofta bort. Detta görs genom att skära peppar på mitten och skära ner längden av peppar, under märg, med en vass kniv.
Flesh

Köttet är gröna delen som utgör större delen av jalapeno. En mogen jalapeno har en glansig och fast kött på utsidan och bör inte ha några blåmärken eller mjuka fläckar. Den innehåller capsaicin i lägre koncentrationer än i frön och membran, så är inte lika hett som dessa delar. Det är den viktigaste delen av peppar används i matlagning och fortfarande tillför massor av värme till en maträtt.
Pith

märgen är den vita delen av jalapenopeppar och finns inne i köttet. Fröna och deras membran är fästa till märgen, men märgen i sig innehåller lite värme. Det kan öste ut för matlagning genom skärning försiktigt under det med en vass kniv. Detta tog också frön och membran, men dessa kan hållas undan och lagt till en maträtt separat om så önskas.
Stem

Stammen av en jalapeno är hårt del som fäster peppar till resten av anläggningen när det växer. Det är grönt, liksom resten av peppar, men har en annan textur till köttet. Jalapeno stjälkar vanligtvis inte används i matlagning. De kan tas bort genom skärning horisontellt över toppen av paprika med en kniv.